如果去追讨一层违章建筑的工程款而去法院起诉 法院会怎么判？

拆了违章建筑不是法院的职责，法院不会管。
违章建筑之所以违章是因为业主没有履行相关的审批手续造成的，与承包方无关。
承包方与业主签订的承包合同时并不知晓业主为办理相关手续，不存在过错，且承包方已事实履行了合同，业主理应支付工程款。
所以，我认为法院会支持你的诉求。