上班期间在职上了研究生，辞职的话会不会不批准辞职呢？

说明：
1、我在上班期间参加了在职研究生的学习，具体情况是每学期请一个半月的假去学校上课，考试，期间单位没有扣我的工资，但奖金是扣了的。
2、上学前后没有和单位签任何的服务协议。
3、就这一个半月上学期间，我曾经被要求中途回来上班，有好几次。
4、总共上了两年，第三年的论文是在单位完成的，没有请假。
5、毕业后还在原单位，但似乎受到排挤，想辞职。
6、我上学期间的学费等费用全是我自己出的。

问题：
1、我现在准备辞职，单位会不会以我上研究生期间占用了上班时间，而不批准我辞职，或要求我进行赔偿呢？
2、如果他们不批准，我递了辞职报告后一个月后直接走人，还是去申请仲裁？
3、辞职后我的档案假如单位不给我怎么办？
4、辞职后我的档案、养老保险、住房公积金该怎么处理才妥当？？

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