开发票的单位和收款单位不是一家怎么办

你是不是想说：你公司开出转帐支票给A公司，而公司收到的发票是B公司的开出的。

这种情况，你付支票，在转帐支票的正面盖你公司的银行预留印件（即财务章加法人章），致于背面，你不用管，那是收款人和背书人的事。

致于进的货，你公司原来向谁买的货，就算是谁家的货。

不知是否是这样。

　　让第一单位(即出发票的单位)开一张委托收款的证明给你们公司，委托的内容就是委托第二单位代收此笔货款就OK了。一定要盖财务章或公章才生效。
　　发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。收据才是收付款凭证，发票只能证明业务发生了，不能证明款项是否收付。

不行的，一定要付给B公司的，不然税务局查到就麻烦了，两家都要被罚了.还有个办法，就是让B公司开个委托收款证明，委托A公司收款.
银行是不管的，就怕税务局查到。