请问如何用法律将证据保护起来?

合法的公章在公安局有档案的.以防万一,你可以把营业执照复印一份和你的欠条一起拿去公安局和工商局调查.

1、一般情况下营业执照原件上不允许盖公章的。如果是复印件，并不能据此认定章的真实性。
2、你不是说该章用过两次，另一次是什么场合使用？如果能拿到公司使用该枚印章用于经营，则有利于你认定。
3、确定该公章是否为公安局备案的公章，如果是，就没有问题。
4、欠条上是否有人的签字，如果有，对你有利。
5、欠款的发生一定是有原因的，如何认定前款数额，你如果能提供有关证据，如合同或者业绩考核等等或者公司主管人员的签字确认，对你的事实认定也有好处。
6、记住，不要把所有眼光都放在一张欠条上，可以多从其他角度考虑。

公司公章都应该在公安管理部门有备案

但是一般情况只允许一个公章的备案，你们公司有两个公章 已经系违法

在他们跟换营业执照前，你可以先去工商管理部门投诉他们有两个公章

一旦立案，就能证明你借条上的公章实际也是该公司使用，这样你的借条就不会失去法律效力