制备植物原生质体的的纤维素酶溶解度很低，有大量棕色残渣，请问有什么办法提高溶解度吗？

你要保持酶的活性吗？如果不需要，只是分析该酶的蛋白质序列，那可以加些变性剂，提高其溶解度，比如尿素、硫尿、DTT等；加入表面活性剂，帮助溶解其疏水基团，比如CHAPS。
如果你需要保持酶活性，可以采用盐溶的方法，加一些两性电解质……