工程合同和付款问题....

“不了了之”存在很大的问题，根据05年的文件精神，对于工程承包合同双方未就工程款决算达成一致，或者工程款数额未确定的，或者承包人提出结算书后发包人不及时审核和签字的，发包人以此超过诉讼时效为由拒付工程款的，不予支持。

楼上所说的超过诉讼时效，要看“不了了之”的具体原因，不能一概而论。
如果存在以上列举的原因，那么对方完全有理由通过
仲裁、起诉、申请支付令、申办强制执行公证、代位追偿以及优先受偿权等常用法律追债方式达到债权行使目的。而贵公司则不能以已过诉讼时效抗辩，这样肯定败诉。
对于这样的情况，只能从合同本身着手，寻找合同漏洞达到否认部分或者全部债权。比如说原来为总价合同，而对方以合同设计变更要求追加合同款之类，贵公司认为不合理所以一直拖欠没有付清。
现在开始，贵公司就应当积极对应注意收集证据：该建设工程承包合同、补充协议、工程月报、设计变更、监理记录、现场会议纪要等都是证据，对工程款纠纷的解决均会起到重大作用。因为注重证据收集，能为工程款结算及诉讼或仲裁解决工程款拖欠纠纷打下良好基础。

既然对方请了追债公司的人员，建议贵公司还是请贵地律师或者相关业务熟识的人员专门对应，这样才能更好更准确的分析问题、应变解决问题。

另外对于追债公司的骚扰问题，你可以要求对方出具合法代理的证明或者是“债权转让”的证明，如果对方拿不出来，就可以马上报警。

已经过了诉讼实效期限，我国的民法规定，债权的诉讼实效是2年。显然已经超过很多了，即使他们告到法院也会丧失实体胜诉权

具体问题可以不用理他们。可以请律师介入帮助。