问饮料公司与乡镇企业之间的协议是否有效？为什么 ？

当然无效。
由于商标权人对其注册商标享有独占权、使用权、处分权等权利，注册商标的转让不仅使转让人和受让人之间发生商标权移转的结果，而且也影响注册商标的被许可人等利害关系人的权益以及广大消费者的利益。为保证商标转让的合法进行，保护利害关系人及消费者的利益，《商标法》规定：转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议。
在本案中，甲、乙就商标转让达成口头协议的行为不符合法律规定，应当签订书面转让协议，并向商标局申请办理转让手续；或者两厂直接、共同向商标局递交《转让注册商标申请书》，该共同申请行为将被视为两者达成了转让注册商标的合意。
商标局收到转让注册商标申请有关文件之后，经过审查核准之后，发给受让人相应证明，并予以公告。商标注册人自行转让注册商标的，属于注册商标使用不当的行为，将由商标局责令限期改正或者撤销其注册商标。

[法律依据]《商标法》第39、44条。

很简单。他们的协议没有经过工商部门的批准，所以肯定不合法。

商标法有规定，如果许可他人使用商标的应该在合同生效后三个月内办理备案，这属于强制规定，如果仅仅单方面同意许可使用而未办理备案，是会受到行政处罚的！

如果想要使用他人的商标，可以与他人协商，签订商标使用许可合同，到商标局登记备案。以公司名义使用商标。\

无效！