协议未涉及部分怎处理?法律中有规定吗?

开发票应当准确反映货款的具体数额。
现在交易额是两万元，就开两万元。
你要是这次开了五万元，下次他又扣你货款，再让你开，你怎么办？
这次不开那么多，虽然可能损失一个所谓的客户，但是不至于5万元的货物只能卖2万元。
至于违约问题，得看你们合同中是怎么约定的，如果你们约定的是六十天交款，逾期未付，则视为违约，需及时支付并构成违约金。
如果合同中约定在开票之后付款而你公司只愿开具2万元的发票，则此条款属于于国家相关法律相违背的条款，属无效条款。不影响合法部分的效力，故应当支付。可向法院提起诉讼。

建议你还是开5万.

到时候万一对方玩阴的,你只能吃哑巴亏.