有土地集体使用证的厂房是违法建筑吗??

不一定，主要取决于以下条件：
1.看该土地是不是属于城镇规划的建设用地
2.是否与村集体有合法协议
3.是否经县级土地部门批准

你只有 集体土地使用证的话，是！是违法建筑。
集体土地使用证 只能证明这块地是你的。可是不代表你能在这块地上面建房子。所以你要做房子，还得取得土地规划部门建房许可，也就是《建筑工程规划许可证》。
不懂再问。

只有一个土地使用证还不够，还要有审核的证，建筑许可证，

不是，比如乡镇企业的土地都是集体土地。