运费发票抵扣

如果A公司和运输部门（公司）是二个独立核算的单位就可以。

不可以。
开具的运输发票是给客户抵扣的。哪有自己开发票给自己抵扣的？

同一企业不可以，不同企业就可以。

不可以的, 假设可以, 那么提供运输劳务是要记入劳务收入,缴纳相关税费. 也就是说这个运输部门是个独立的经营部门.