劳动者主张企业需要支付加班工资，用人单位否认有加班的，由谁来证明？

第一，减少劳动报酬由用人单位负举证责任，加班费是可以适用举证责任倒置,由用人单位证明。
第二，由考勤表、加班申请表等，且必须有劳动者个人签字的才可以作为证据采纳。

法律依据
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十三条规定：“因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。”
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六条也规定：“在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。”

考勤资料，加班报表，由你提供，或者证人证明，比如你的同事

谁主张，谁举证！
同事做证人，考勤资料，加班申请表什么的。

劳动者证明，提供公司的文件报表或者其他证据。