计算化学问题：为什么自由基的Beta轨道比Alpha轨道高

看来你做的是从头计算。
在分子CH3CH2自由基里，基态分子构型偶极不为零。那么单电子的不同旋轨（alpha和beta)与分子构型所产生的偶极的相互作用就会不同，导致分裂。这也许就是为什么Beta轨道比Alpha轨道算出来的轨道能量高。