部队里的电话 比如国防通信是不是直接由部队自己管的?

当然是由部队自己管理，除了军事秘密以外，还有费用、人员等也不便与地方混在一起。总参有通信兵部，就是管理部队通讯工作的。

那是当然，有专门的军线的。

是的，军用专线是不受地方控制的，而且话机很多都是特殊的保密电话

是由部队直接管的。