我在公司做了5年，职务是中层干部，月工资4000元加提成，公司因为要调动到别的部门我不同意。

一般会赔偿二个月工资，至于加班费按当地劳动局规定申请，如果不给可以拿出加班的证据向劳动局求助帮忙。
在目下情况，不建议辞职，还是服从安排好一些。

你干了5年，按劳动合同法，赔偿5个月工资
你加班方面，国家有规定，如果是国家规定的节假日加班,如元旦国庆等，则一定要发放加班工资，其他正常情况的周六日加班或者其他时间延长，则没有硬性规定要给加班工资，也可以安排补休。

工作5年的经济补偿金是5个月工资，以前12个月的平均工资计算（应包括工资、奖金、津贴、补贴，不包括税费）
如有加班可按照国家规定要求公司补发加班费或安排调休。如果单位不同意，你可以申请劳动仲裁。注意提供加班证据。你可以在离职时要求单位补发加班费，拖欠工资的时效是离职后一年。