公司补发已离职员工的年终奖，可以按工资税率计征个税吗？还是要按劳务税率计征？

可以，而且是应该，这是公司对别人负责的方法。
可以采用平均月工资的计算方法。按10%计算工资税。

根据国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定，对于纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，“先将雇员当月内取得的全年一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数”，再按“确定的适用税率和速算扣除数计算征税”。该办法在一个纳税年度内，对每一个纳税人只允许采用一次。

当然按工资税率计征。并且因为是年终奖金，可以采用年终一次性奖金的计税方法进行处理。