被告在监狱的民事诉讼，可能已过诉讼时效

1、无履行期限的借款合同，权利人可以随时要求债务人履行义务。2007年年底权利人向你叔叔主张过权利——“2007年底那个人来讨过帐”，故该案未超过诉讼时效。民事诉讼法规定的向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年.
2、建德市人民法院管辖权问题，《民事诉讼法》第二十三条 下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：
（一）对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼；
（二）对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼；
（三）对被劳动教养的人提起的诉讼；
（四）对被监禁的人提起的诉讼。

故：建德市即为你叔叔的住所地，也就是户籍所在地，建德市人民法院有权受理该案。（建德市应该是县级市对吧）
3、起诉书上的日期是2008年11月8日，应诉通知书上的日期是2009年1月16日。起诉状落款日期没有多大意义，人民法院“应诉通知”要求2009年1月16日应诉也没有什么不妥。法院是做出应诉通知，而非开庭公告，这表示法院是知道你叔叔正羁押于监狱的，所以开庭的时候原则上会到监狱去开庭。

多一句嘴，这种债务案件法律关系比较简单，不出现大的意外，人民法院会支持权利人的诉讼请求的。你提出你叔叔现在暂时没有履行能力，但法院的判决还是会判由你叔叔在规定的期限内履行义务。只不过，确实没有履行能力的话，案件在执行程序中会裁定中止执行，待被执行人，也就是你叔叔有能力履行以后再恢复执行。

楼下的，被送达人成年家属有义务签收法律文书，拒不签收的，人民法院留置送达。

欠债还钱，天经地义。没得说，既然已经进了监狱就是没有能力还钱，那只能中止，等你叔叔出来后，有能力再还。

应当退回起诉书，告诉法院直接送达监狱本人。