社会保险问题请教

因为你的公司注册是在江苏的另一个地方.所以你的社保也跟着在那了.
好少出现这样的情况. 合不合法不是你的问题,而是你老板的问题. 只要社保局承认了你的社保资格就可以了.

江苏和南京的缴费基数不同，南京的要比江苏缴费要高，单位多缴纳很多，单位如果营业执照是南京的在江苏缴纳就不合法

可能1：在南京缴费要高些，所以单位选择在江苏参保。缴费低，当然退休后养老金就低，至于合不合法，尚无具体法律条款。
可能2：在南京的是集团公司的下属子公司，所以在母公司注册地参保。
可能3：单位委托劳动中介机构代办劳动合同、社会保险等事宜，以应对当前的劳动合同法。