税务局是怎么根据发票来判断纳税人的纳税金额的？

1、因为大部分企业都是根据自己申报的收入来交税；而收入确认的主要凭证就是企业开具的发票； 根据税法规定，即使企业不开发票的收入也是应该交税的收入；但是由于对不开票收入的检查比较困难，所以一般都是根据发票开具的金额来确定收入，所以企业就尽可能的少开发票，从而达到少交税的目的；
2、不同的企业根据经营范围、经济性质缴纳不同的税金。比如销售货物的都属于增值税的纳税人，但是增值税的纳税人又分成小规模和一般纳税人，年收入50万以下的工业和年收入80万以下的商业都是小规模，增值税税率3%，否则就是一般纳税人，税率是17%；
3、从事企业财务管理的人就是会计，一般都是会计去税务机关申报本公司的收入和税金，申报的同时，要递交相应的报表来说明自己公司的经营情况。包括具体的收入组成，税金计算等等
简单的说，就是这些

看来你的企业（或商店）还没有形成规模。属于小规模纳税人。对小规模纳税人税务部门就会以销定税（以销售收入多少征收税金）当然税务部门会以多种手段核定的，（比如进货多少）看发票只是参考。我们这里是按同行业同规模核定纳税额的。

企业（或商店）里能够记账、核算成本、填报财务报表、税务报表的人就是你所说的会计；你所说的报表应该是“纳税申报表”—单位会计、税务人员知道怎么填写。