双曲线或椭圆方程中, a一定在x的下面,b一定在y的下面吗?

最好是在，但实际上，只要理解a，b的实际含义分别表示长轴和端轴的话，用其他的字母表示也可以。

比如：
x^2/m+y^2/n=1;m>0,n>0;
他表示的是焦点既可以在x轴上，又可以表示焦点在y轴上的椭圆。焦点在那个坐标上取决于m，n的大小。

a方一定在x的下面,b方一定在y的下面。这样才能符合课本介绍的性质，否则a、b的表达就不符合了。
但若不考虑性质的话，可以有另外写法。