能否追究刑事责任或是民事责任

我的一位朋友在一公司任会计一职7年半的时间左右，刚进公司不久，老总开会的时候决定给予会计、出纳等每月定额100元的手机补助。手机补助金在发放了一年多之后，老总说这个补助每个月都是定额的就说不用签字了，每个月照发就是！之后，每月出纳员造好手机补助单，签名就可以直接领。
后来更换了新的老总，朋友和同事就一直领这份补助，没有向新的老总说明。但每个月出纳的现金日记帐上列明了此项补助，且每个月出纳的现金日记帐都要入电脑并以邮件的形式发给老总。
现在的新老总知道后，就认为此项补助不是他定的，且没有向他报告过这项费用。他以不知道此项补助为由，认定是贪污，便想以刑事责任来追究。
朋友因在此公司工作时间很长，每个月领100元手机补助，共5年时间，计6000元。新老总说超过5000元并可以追究。
请问一下，朋友是每个月领100元，因工作年限较长，才会有如此大的金额。因公司规模小，制度不健全。以前老总说不签字没有形成书面文字。
请问这种情况可以追究刑事责任吗？

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