地税这样是否违法?

放心，100%违法

就算要交这钱，也是是交管处来收的

首先，问题不是谁收谁管的问题，你应该先问清楚他说没交税到底没交什么税，因为你说的很模糊，所以我根本无法判断你没交什么税，车子，尤其是营运车不光光是要交营业税的，还有个人所得税等其他的税种。
其次：他是你们乡税务局的上级单位，因此有权对乡税务局没有征收的税收进行补征。
最后一句：也是让你高兴点的一点是：听你这么说，他什么都没管直接把你车子扣了，这样是不符合程序的，税收执法最讲究的是法律定位的合法性和执行程序的合法性，他必须要对你下达相关扣押车辆的文书（书面文件），如果没有那你直接可以告他。这种情况你直接打涉税举报电话就可以了，不用去找什么人！

营运税？
应该是对你的个人劳务（营运业务）征收营业税吧，然后再附征点个人所得税和其他一些小税种。
当然，按道理，你这种固定业户应当由所在地税务局征收（即属地征收），也有的由所在地税务局委托挂靠的客运公司统一代征。
“县里面一个镇上的地税分局拦住”这件事，确实让人不容易接受；但不一定就是违法，比如：县局就是有这样的规定或在某项专项税务稽查活动中---针对其他分局管辖的业户，下面各分局可以查补税款。就像，有时外地派出所可以来本地查处卖淫嫖娼。

你问清楚了没有，罚你的那个分局是否能管你镇的地税分局。
如果不能管，则两个分局是平级的关系。
他们不能这样跨地征收。而且程序违法。