关于虚开增值税的问题？

最近有税务局的同志到我公司查账，发现去年有两笔业务出现了点问题，现将问题描述如下：
涉及三方：我公司 河南一家机械加工厂（此处用A代替） 江西一家建筑工程单位（此处用B代替）
我公司与江西这家建筑工程单位B签订了供货合同，但是江西这家单位让我们直接将将货物发给河南的机械加工厂A，全部货款也是由河南这家加工厂A付给我们，而后当我们履行完我们的合同后，河南A单位让我公司为这批材料直接向江西B单位开具增值税专用发票，现在税务局的同志说我们虚开增值税发票，我们觉得挺冤枉，往有朋友能给解释一下，我们公司在这件事情中到底有无过错，错在何处，是否像税务局说的属于虚开增值税行为？
河南的机械加工厂A收到我们的材料将其加工 再发与江西B单位使用

真的永不笑 朋友你弄错了 我们是和B单位签的合同，也是将票开给了B，但是是A单位付的钱，货也是发给A。

同样的事情在今后遇见该如何处理，在这次事件里面A单位是属于个体工商户，好像开不出增值税专用发票。

望得到更加详细点的解释。

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