仅知道cDNA内的一段序列,两端的序列未知,如何用PCR的方法扩增全长的cDNA序列?

来源:百度知道 编辑:UC知道 时间:2024/05/22 19:46:50
有一个在猪的体内表达的一种蛋白,其DNA序列未知,仅知道其cDNA内的一段序列,几十个bp,全长2kb左右,两端序列未知,在小鼠和人的体内可以找到其同源蛋白的mRNA和DNA序列。现想扩增全长的cDNA序列,请各位高手,大侠赐教,谢谢啦啦啦。。。。。。
主要是无法进行特异的PCR扩增,使目的cDNA进行特异性扩增,从而得到全长的cDNA序列。

如果有条件,还是应该RACE,这是得到全长最正统的办法。知道几十bp应该够用了。

另外我奇怪的是,NCBI上没有你需要的蛋白的mRNA序列吗?猪是Sus scrofa,不妨再找找。既然小鼠和人里面都有,猪里面应该也有。你再去找找吧。如果能找到,设计引物就简单了。

还有一个办法,就是查查文献,有没有人以猪为对象做过这个gene,运气好的话能找到现成的primers的。

祝实验顺利。

用RACE和SMART进行其3’5’端的扩增

先找到已知序列的特异性引物,然后进行RACE扩增3’SMART扩增5’端

那你就用小鼠和人同源的那段来设计引物,但是要注意,PCR扩增的引物最后一个碱基必须匹配,否则无法扩增,所以实验要看运气了。因此你最好多设计几个3‘只相差一个碱基的引物,这样就可以确保最后一个碱基能匹配上

NCBI上先去找人的同源序列,前后的差异不会太大,然后查mRNA序列,然后在设计引物。