不以退耕还林证为标准发放退耕还林款是否违法，我应该如何解决。

退耕还林工程条例中有说明，
第四十七条 国家保护退耕还林者享有退耕土地上的林木（草）所有权。自行退耕还林的，土地承包经营权人享有退耕土地上的林木（草）所有权；委托他人还林或者与他人合作还林的，退耕土地上的林木（草）所有权由合同约定。
退耕土地还林后，由县级以上人民政府依照森林法、草原法的有关规定发放林（草）权属证书，确认所有权和使用权，并依法办理土地变更登记手续。土地承包经营合同应当作相应调整。

这其中的土地承包经营权人就是指的土地承包证中的土地使用者和面积。

另外乡政府应该是没有权利停止发放你的补助款的，应该是财政所，而且财政所应该得到林业部门的通知了。
你可以上你们当地林业站或者县一级的林业主管部门去交涉一下。