he can come now.中come为什么不用是coming？后面不是有now就要用进行时态吗？

can在此是作为情态动词出现的。
举例子吧,实际一点
1. I can speak ten languages, but I cannot speak Japanese.
我能说十种语言,但不会说日语.

2. Lucy can't be late for class.
露西不可能上学迟到.

3.You can sit down.(can作为情态动词还有一种表示"可以"的意思)
你可以坐下.
he can come now在这里就是一种可能，现在可能来了，后面接原型
he is coming now才表示正在进行的事

can could 表示能力；可能 (过去时用could), 只用于现在式和过去
情态动词的语法特征
1） 情态动词不能表示正在发生或已经发生的事情，只表示期待或估计某事的发生。
2） 情态动词 除ought 和have 外，后面只能接不带to 的不定式。
3） 情态动词没有人称，数的变化，即情态动词第三人称单数不加-s。
4） 情态动词没有非谓语形式，即没有不定式，分词，等形式。
http://www.eastedu.com.cn/article_view.asp?id=260

像can之类的情态动词后面若跟动词的话都是用原形的，这时候不由now之类的时间词语来决定。

为什么要用现在进行式啊。如果用“coming”的话，前面是不是要跟个be动词。如is are 等等此类的。但can做的是情态动词后面跟原型的。
can+V V是所有动词的原型
be+Ving 现在进行式