自动离职后能否申请劳动仲裁？（无合同，有养老医疗保险，无加班费）

我的具体情况是这样的：
我06年毕业后到了一家私营企业工作，当时承诺的是可以办户口，三方协议签的三年，单位拟定的合同好像也签了一份，当时记得是合同内容有不妥的地方，但是也签了，是三年。后来指标也拿到了，可在之后的办理过程中出现了一些我不知道的问题，直到我上班一年半之后在我的一再追问之下才告诉我没有办理下来，我觉得很荒谬和被欺骗，然后就提出了辞职，经理拖了三个月才同意，那时已经是08年4月了。6月的时候经理又主动找到我于是就又回公司上班了，然后两个月后经理把我调到了业务部。工作到前天，也就是09年十一刚过，部门经理说要把我调到车间去当工人- -|，我说要是那样的话我就不想再在公司做了，经理让我再考虑考虑，于是昨天开始我就没去公司了，相关的手续也没有办。
现在我想，当年签的合同是在劳动法改革之前，后来08年合同法改革时公司又拟定了一份规避违约金的合同，我觉得公司如此不正规，就没签，人事部也没找我要。。也就是说一直没签合同。。
公司规定每周休息一天，周六不算加班，也就是没有加班费，所有法定假日，都比社会上其他公司少休息1天~3天，比如过年就休息4、5天等等，少休的几天也没有加班费。
另外我这样算自动离职，按照公司的规定是要扣一个月工资的，但是貌似这不符合劳动法规定。

综上所述。。。我这种情况可否到劳动仲裁委员会申请仲裁？举报其无合同，要求退还这三年来所有周六和节假日的工资，并按加班费计算？并退还扣我的一个月工资？

谢谢各位。
着急求解答。
今天又去公司，解决了一个我在职期间的客诉问题。然后给部门经理交了辞职信，她说为了保证我9月工资不被扣让我把辞职信的日期写的9.12，那样到今天就满一个月了。如果人事部门和总经理认可的话，估计是不会多扣一个月工资了。在这种正常离职情况下，可以去申请关于加班和无合同的仲裁么？胜算有多大？银行打印出工资卡的清单能否作为证据？如果仲裁解决不了需要起诉的话，诉讼成本和时间又大概是多少？麻烦各位了。

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