警犬是不是不允许交配?

是的，绝对不允许交配。
其实影响嗅觉和服从性还是在次要，最要命的是影响警犬的注意力。警犬，不是指一般意义上的警卫犬，对于其纯洁性要求很严格的，其发情期有严格的操作规程，不允许阉割。
一般警犬使用几年就会被安排退役，或者因伤，或者是不再符合要求。
因为都是好狗，不论体型还是战斗力----品种是次要的---我国长期以来选用的最主要的警犬品种其实不是纯种德牧，而是德牧与昆明本地狼犬杂交的品种称作昆明犬，拉布拉多/金毛是这几年才参与进来执行嗅爆等简单/非对抗性任务。
警犬在退役后，一般都会得到良好的待遇，但是因为年纪较大，不再适合做种犬。

一般警犬基地都有专门的繁殖基地或实验室。里面有种公犬和母犬，它们可以是引进，也可以是纯种的退役警犬。但是服役期间的警犬是不允许交配的。

确实如你所说，既影响嗅觉也影响服从性

没错，警犬服役期间不能交配，交配后就意味着退役了。交配后会影响警犬很多的能力。