违纪合同法院能判有效吗

应该上诉！你们的协议本身属无效，法律明令禁止党政干部执业！

建议接受调解 因为
行政机关公务员处分条例
附 则
第五十二条 有违法违纪行为应当受到处分的行政机关公务员，在处分决定机关作出处分决定前已经退休的，不再给予处分；但是，依法应当给予降级、撤职、开除处分的，应当按照规定相应降低或者取消其享受的待遇。
第五十三条 行政机关公务员违法违纪取得的财物和用于违法违纪的财物，除依法应当由其他机关没收、追缴或者责令退赔的，由处分决定机关没收、追缴或者责令退赔。违法违纪取得的财物应当退还原所有人或者原持有人的，退还原所有人或者原持有人；属于国家财产以及不应当退还或者无法退还原所有人或者原持有人的，上缴国库。

你说的这个拿32万是什么意思？以什么样的名义拿32万？你们公司的性质是怎么样的？这些不说清楚不好判断。

不过单从你说的情况来看，合同有效，法院的说法没有错误。

违反党的纪律不代表就违反法律规定，虽然在中国党凌驾于法律之上。
只要你们签订的合同不违反合同法的有关规定就应认定为合法有效，对双方当事人均有约束力。

什么合同？如果是约定在退休后的兼职协议，那应该具有效力，如果是在其任职期间的，看他是不是公务员，如果是，那是违规的。