《实时缴税协议书》是否是只是关系到交企业所得税呢？

这个协议涉及所有你们申报缴纳的税种，意思就是你们不拖欠税款，只要申报了税款，税务局就会按时扣税。

所得税在哪里交，一般是和企业的主要流转税种相同的，如果你们主要流转税是营业税，那么所得税在地税不奇怪。