大会主席团能否取消连任两届的县长的候选人资格

并无相关法律法规，规定地方政府首长不能连任超过两届。但人大会议主席团的确有权力决定或取消候选人资格。
但从实际情况来看，地方政府首长候选人都是由当地或上级党委已经事先决定的，人大一般都是走个程序而已。