这个句子怎么分析？

如果是一般时态则为 they do not know how this can happen.
如果是过去时 则为 how this could happen.
如果是强调已经完成了 则为 how this could have happened.
都是“居然可以发生”的意思。

PS， 必须要有 if...were....才能算是虚拟语气
例如： if i were you, this could have happened = 如果我是你，就有可能。 意思就是因为你太烂了，所以事实上没发生。
楼主提到的句型不属于此类。

虚拟语气吧，心里不想让它发生。可能是。

“居然可以”
表示不敢相信

表示可能性用could

整个句子译为：他们不知道这件事怎么会发生

could have done的意思是“本可以做某事（而实际上没做）”。