我公司为刚成立的小规模纳税人，税务局不让零申报，但公司购入的原材料都没有发票，我该怎么做账啊？

呃。。。反正你们是小规模，有没有对方税票也没关系啦。不涉及进项抵扣的问题。没有供应商发票来，你们也可以暂估入库嘛！
你们跟供应商总得有供应合同吧，上面有采购价格吧，就按那个价格先入库。在应付账款下设两个二级科目“应付账款-暂估”和“应付账款-实付(名字自己中意就行)”。等以后要是来票的话，冲回暂估，形成真正的应付账款。这样不就有库存商品啦！

本月没有供应商发票：
借：库存商品 XX元
贷：应付账款-暂估 XX元

以后收到供应商发票YY元(有可能跟暂估有差异)：
借：库存商品 -XX元
贷：应付账款-暂估 -XX元
借：库存商品 YY元
贷：应付账款 YY元

至于零申报不让批，那个税务怕麻烦。因为业务零申报会涉及税务考核指标。所以你们随便做点销售，交几十块钱税就能过的。

是不是还没有销售额，因此申报表填的零呀，而税务的又不让？
公司刚成立没收入是正常的，但税务机关内部要考核零申报率，就是报零的户数占全部纳税人的比例，因此你的税收管理员强行的不让报零。
你可以这样：
做收入1000元左右，这样就有30元的税了，报上去交了，他们就不找你了。
致于账，你借：银行存款 贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税，再做笔出库，结转成本的分录（库存商品没发票钱是估价入账的）

应该是借：银行存款 36050
贷：主营业务收入 35000
贷：应交税费-应交增值税 1050
没有发票就只能做收入,没有成本,只有费用了。
如果此批销的库存商品会补开发票的话，就可以预估进货进行结转成本。

1.如果你公司没有对外开过发票的话，账面上你的收入就是为零，那么你公司只有费用没有收入，既然没有收入，那么就不需要交税，就是要零申报。不让零申报是因为你公司对外开过发票而没有费用的产生，或者是有收入大于费用，所以你有收入了，就要交税了。
2.你公司购货的时候未取得发票，那么在账面上就不存在着库存商品，就等于没有库存商品就没有货品销售也就没有了收入，所以必须要取得购货发票，可以找相关单位“代开”，（很多公司都