清朝时,实际最高的最高的权力机关是什么

封建社会是君主专制的,所以根本就不会有最高权力机关,只有最高权力的确个人,那就是皇帝.皇帝为了中央集权,是不会允许有哪一个机关比他的权力还大的,所谓的内阁,军机处等机构,说白了就是给皇帝跑跑腿的.
军机处的军机大臣其实并无参与政事的实权,他们只是在皇帝处理大事时跪授笔录,为皇帝拟拟草旨,传达传达命令而已.
而理藩院是清朝管理少数民族的一个机构而已

军机处
打个比方吧，我觉得
内阁就是皇帝的咨询机构，相当与智囊团队；
六部其实不过就是具体的执行机构，相当于我们的国务院；
而理藩院不过相当于我们今天的宗教管理委员会；
而军机处则是核心的决策部门，有时候它起的作用也不是很大，也成了皇帝的跑腿的，但是从体制里，它相当于我们今天的中国共产党的中央委员会；
皇帝就是总裁，是主席；
综上所述，我觉得皇帝最大，其次是军机大臣，然后就是六部尚书，而理藩院什么也不是。

军机处
把权力集中到皇帝身上，削弱相权
军机处，亦称“军机房”、“总理处”。是清朝中后期的中枢权力机关。

雍正七年，用兵西北，以内阁在太和门外，恐漏泻机密，始于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用。十年，改称“办理军机处”，简称“军机处”。

由于军机处本是一个非常的临时机构，自诞生之日起就摆脱了正式官僚体系的壅滞、繁琐的毛病，非常适合皇帝加强君权的意愿，所以，在准噶尔战事平定之后，按理应裁撤军机处，但结果非但不将其撤销，反而进一步扩大了军机处的权力，使其超越议政王大臣会议、内阁，成为最主要的政治核心。

乾隆初年，一度改称“总理处”，旋复旧。军机处任职者无定员，最多时六或七人，由亲王、大学士、尚书、侍郎或京堂充任军机大臣，通称大军机。设首席军机大臣，或称领班军机大臣，一般由满族亲王或大学士担任。其他任职者按各人资历分别被任命为军机处行走、大臣上行走、大臣上学习行走等。军机大臣须每天值班，等候皇帝随时召见。另选内阁中书等官充军机章京，通称小军机，满汉各半，掌缮写谕旨、记载档案、查核奏议。军机处具体职掌为：撰拟谕旨和处理奏折；议大政，议后提出处理意见，奏报皇帝裁夺；谳大狱，参与重大案件审拟