非法经营企业是否能申请劳动仲裁

没有注册的话，无法申请劳动仲裁，除非工伤情况！

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有没有营业执照，与你的工资问题是两回事，你要工资，是你与企业的劳动工作关系，可以去劳动局投诉（这个不管企业是不是有营业执照，与你没有关系），劳动监查队会帮你协商处理此事。
至于没有营业执照的事，不会影响你能否拿到工资的事情。一方面，劳动部门前来为你处理工资事件时，发现企业属无证经营，他们会做出相关处理，但那事与你基本没太大关系了（当然，企业属无证经营，可能会对你被辞退后的一些福利待遇会有影响）。另外，如果你想对企业无营业执照一事进行投诉，可直接向企业所在地的工商行政部门进行投诉，一般工商部门会去查处，除非他们存在勾结关系，那样的话，你就得向工商行政部门的上级，再上级。。。这样进行投诉反应。

可以，而且他回被罚的更厉害！！！