法人以其投入的财产为限承担有限责任，那其所得利润呢？

靠！问题就问错了，法人是具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。难道法人会拿着自己的钱给自己投吗?你问的是股东才对。股东入股一百万的话，那只对他投入的一百万承担责任，如果公司盈利，可以在取得的利润中分红，如果公司亏损倒闭，只对他的一百万承担责任。

我来回答你的问题吧
如果赚取1000万，如果没有分红，也就是没有发给股东而是记在公司的账上的话，那么公司就以其所有利润1000万，包括那100万承担责任
如果给股东分红了，那么就以剩下的利润和那100万承担责任
总之就是以公司的财务承担责任，股东不再承担责任