增值税发票过了90天期限,怎么办？

超过认证期的增值税专用发票，只能成为滞留票，按正常的话，不属于抵扣范围的货物。首先认证后再作进项税转出，现在只能一次将价税合计数进入相应项目中去，以后注意就是了。
税务要调查滞留票的话如实说清楚就是了，2010年一月一日以前开具的发票，认证期为90天，2010年一月一日以后开具的增值税专用发票认证期为180天。

2006年CPA《税法》书Page41
2003年3月1日起：
1）增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90天内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。

所以说想换肯定是不行的。

根据国家税务总局（国税函[2003]962号）关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知 第一条的规定 增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
（一）销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
（二）因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票, 也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
根据962号文的规定已经说明，除去退货外只有原发票开具错误，才可以退回给销货方重新开具增值税专用发票发票（实际操作先按原错票内容开具