收到增值税发票就已经过了90天，这样的发票还能退给开票单位吗？

不能，根据国税发〔2007〕18号 《关于修订增值税专用发票使用规定的通知》中的规定：
1、因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单。

2、因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单。
所以发票超过90天不能认证，退回给开票方，开票方也不能冲减销项税金。