商品房预售合同与订购协议是一回事吗

不是一回事.
认购协议所交纳的多半是定金,但对于合同中主要的内容比如房号,楼层,价格等还是有约定的,然后在认购书中一般会约定在一定期限内签订正式商品房买卖合同,合同中对于双方的权利义务约定得更清楚详尽.
而你所说的商品房预售合同其实就应当是商品房买卖合同,因为我国商品房是可以进行预售或是销售的.

所以按照一般流程,是先签订订购协议,然后签订预售合同.