销项负数票过期

严格的说您的这张增值税专用发票已作废（其实从“不守法”的角度讲，这样对公司倒有利，哈哈），因为您说的是“未能及时入账”，责任就不在别人了。
我们还是做守法的好公民吧：如果对方公司同意，您把原发票寄回，这时对方应该已将所开负数发票入账（三个多月了吗），所以就无法作废了。只好重开一张金额相同的正数发票冲回已作废发票，再给您重新开一张负数发票，这对对方当月的销项税额是没有影响的。
您公司所属税务局一般不会找您的麻烦，因为您这样做是减少了本月的进项税额，就相当于多缴纳了增值税（当然这种做法是应该的）。
如果哪位税务大侠说是这张发票不能入账，您就按他说的做，那么这张发票的进项税额为多少，您就相当于本月给公司省了多少钱的增值税，然后按一定比例向老板索取奖金，哈哈。