把“碌碌无为”用在这里对吗？

碌碌无为:平平庸庸，无所作为。
所以用在这里是不对的。因为你是在做一件正经事情，虽然由于种种原因花费的时间较多，但你毕竟是“有作为”的。所以这句话有语病，属于用词不当。

可以这样改一下：

为了一道题，我花了整整半天时间，真是得不偿失。