最近好多厂都在劝员工签自定的合同，那么发生问题后可以得到法律的保护吗

不用怕~~就算是签了这种合同,一旦发生意外,这些厂家也别想凭着这种合同逃脱责任~~不可能的,因为根据宪法,这种合同是无效合同.
国家有规定,所有的合同也好,规定也罢,只要是违反到了正式立法的国家宪法中的规定,就自动视为无效,不受法律保护,所以这种合同,就算签了,只要员工诉诸法律,一定是无效的,
更别说了新劳动法出台,所有的法规条文都更倾于保护劳动者,任何劳动合同只有违背劳动法的规定全都是效合同,你完全可以不用担心

这种事情,目前要保护劳动者权利,有三种渠道:
第一,劳动仲裁委员会申请劳动仲裁
第二,劳动监察大队,直接举报单位违反劳动法,(当然这条有点损,损人不利己,不是万不得以还是不要用,不过逼急了,直接举报,惩罚金额很大的,这条也可以和另两条同时进行,不过就是有点鱼死网破的意思了)
第三,人民法院起诉!(不过这条是在前一种方法起不了作用的情况下用的,一般劳动仲裁委员会都能解决)

但一定要注意,为保护自己的合法权利,平时一定要注意保留有用的证据,比如说,入职时间的证据,工资领用的条,或是上班打卡用的卡,平时单位发的工作证.还有同事的证词也是可以的,

至于你说的工龄,不太可能,一般公司没有人事权,只能是在人材中心开一个集体户维托存档,而且没有人事权的公司无权打开职工的档案查看的,而工龄这东西不是这些公司说了算的,人材自会帮你记录,这和你签什么合同无关,
一般只有些国家机关单位才有人事权的,比如,学校啦,政府机关啦,公检法部门啦,其它的企业性质的单位都是没有人事权的,不用担心