请教：古代有没有类似‘研究所’的机构存在？

研究也看研究什么啊。
如果是人文政治方面的，由于朝廷里大家都在干这个事情，比如后期的翰林院就带有研究性质。

在自然科学方面，工部的一些下属司曹，还有天文台都有

有，肯定有，我记得以前在电视上看过在明朝的皇宫内部就有专门研究火器的部门，他们不光购买海外的火枪，还自己改良研制。在明朝军队中火器的装备非常多，据说当时戚继光部队中火枪的数量已经超过了后来曾国藩的湘军。

当然有！！

有，工部

还有研究医学的，太医院 文学的，学士府

一些天文机构就是专门研究天象的.