我有香港和澳门两地的港澳通行证，准备从深圳过去旅游，香港与澳门能自由往返吗？

可以，你从深圳到香港，再从香港到澳门，然后回香港再回深圳或者澳门直接回深圳，整个行程在七天内完成，只用到一次香港签注，澳门的两次都用不到。如果超过七天，则会用到一次澳门签注。
港澳两地联系虽然十分紧密，但并不能看成是一个，毕竟两地政府都有各自独立的政策。比如如果你只有一次澳门签注而无香港签注，那么从澳门去香港，香港边检多半不会放你入境。即便放了也只给你当天时间回内地。

可以的阿

当然可以。只要你的证件还在有效期内。

没问题，不分香港和澳门的，可以把两个地方看成一个。

从香港到澳门，然后从澳门返回香港从香港回深圳吗？
不能，因为通行证上，还剩一次香港的，两次澳门的。你的行程是入港两次，入澳门一次。

从香港出去了，你的签注就失效了。