微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属？

来源：百度知道 编辑：UC知道 时间：2024/06/23 20:47:27
相似度小于百分之几的断定为不同种？
相似度小于百分之几的断定为不同属？
2006-6-18补充说明：
就是16S rDNA在NCBI的BLAST结果
当然这不能作为判断种属的确定依据
但是有说法称一般Identity小于99%即可初步认为是不同种
但是小于百分之多少初步认为是不同属？
可能是我先前表述不够清楚
先谢谢回答过的各位了

真核细菌比对18sr dna区域，原核细菌比对16sr dna，这两段是基因的保守序列。

一般在得到基因的上面两个保守序列后（原核、真核各对应一种），将基因序列拿到ncbi上进行blast，根据比对结果在genebank中查询高相似的相关基因序列（一般在96％以上，也有更高的，我以前查到的一个菌均在99.5％以上），然后将序列输入vector nti中进行alignment，得到“进化树”（当然也能使用用MEGA作进化树），相关种属关系在进化树中一目了然了。

ncbi（分子生物学研究者的圣地之一）：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

ncbi blast：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

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我是四楼，2006-6-18补充说明。

这样吧，你把序列发给我吧，我帮你比对后把进化树发给你。

我的邮箱在我个人资料中有。

当然如果你自己就熟悉vector nti之类的软件，那我想我也无能为力了，但是依靠该软件通过进化树确定菌株种属的可行性是毫无疑问的，我们这本身也是通过此方法鉴定菌株的，当然前提是菌株测序的准确性。

不能这么看

DNA G­­­­­­­­­+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G­­­­­­­­