总公司能代替子公司开具发票吗？

总公司开发票当然要把款子付给总公司，算总公司的业务。如果总公司跟子公司下达的有任务，在内部核算的时候算任务完成的一部分就可以了。
代替开发票，把钱付给你，算你的业务无法做账。

可以，是看你们公司的性质了