商品房的合同上写到分摊部位有值班室，但是实际分摊面积中没有值班室面积？可不可以和开发商打官司？

基本没打官司的必要。
一般情况是这样：在签定合同时，商品房的面积是一个初测面积，正式交房时，面积是实测面积。一切数据以实测面积为准，因此，在实测报告中，如果分摊面积里没有值班室这一项，只是其他分摊是合规范的，也是合理的。