发票超过90天后没有认证该怎么处理

按原来的规定,应该是可以退回给对方,让他们开负数发票冲掉,然后再给你们重开一份抵扣,但现在北京的规定是如果不是退货,超过90天没认证的发票是不允许开负数发票的,那么对方不会给你重开,你就只能把税额也计入商品成本的,但我不知道是不是有的地方规定不一样,你可以让对方咨询一下他们那边的税务局,如果他们可以开负数发票,那就都OK了,以后一定记得要早点认证,要不然很麻烦啊

没法抵扣了。
你可以把发票退给原开票单位，并让你公司所属税务机关证明此发票未通过认证抵扣（或未抵扣）。让其给你重新开一张就行了（对方同时会开个负数发票的）。我以前遇过一次这种情况。

当然政策如下：

根据国家税务总局（国税函[2003]962号）关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知 第一条的规定 增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
（一）销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
（二）因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票, 也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
根据962号文的规定已经说明，除去退货外只有原发票开具错误，才可以退回给销货方重新开具增值税专用发票发票（实际操作先按