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公司经理的做法不合法。

根据《民法通则》第六十六条 没有代理权、超越代理权或者代理权终止后的行为，只有经过被代理人的追认，被代理人才承担民事责任。未经追认的行为，由行为人承担民事责任。本人知道他人以本人名义实施民事行为而不作否认表示的，视为同意。

本案中，牛某虽然越权代理，但公司经理得知后安排安排财务付款，视为追认。对在途的5000斤并未作出否定表示，视为同意。（公司经理仅是声明“下不为例”，并未拒绝在途货物）。

1、牛某采购小枣有协议吗？形成了书面的正式协议了吗？如果有肯定双方是盖了公章的，有效协议受法律保护的，就得依照协议来
2、公司经理委托采购员时有书面的或能经证明的口头证据吗？
3、第一批5000斤经理要求财务付款，说明他已采取了事实接受的方式，此时他应该及时决定是否还继续接受剩下的5000斤，如果有异议应及时提出

前5000斤的小枣既然已经安排财务付款，就不能再由牛某承担，因为经理已经接受了牛某的5000斤小枣。但后面5000斤是在经理明确说明不再接受的情况下买入，明显形成“越权代理”，费用应由牛某承担。