甲乙双方依据相关法律签订了一份房屋协议书

所谓见证不过是合同双方当事人以外的证明双方签订合同的真实性，关键不是看见证，而是看合同本身，如果合同本身因违法等原因无效，不管是找人见证还是找公证处公证，都不能改变其无效的性质。
建议楼主表述清楚到底是什么情况，想达到什么目的，这样才好判断，需要的话，直接带资料找律师面谈。

嗯？怎么又问了一遍。。。
这个效力是有的。但是一般情况没有公证的效力高。只能作为一般的证明，但是你说的这种情况下，和公证效力差别就不大了。好用的很。