请教专业人士：加班工资基数计算方法是否合法？

回答：公司的做法其实不合法，却在行政部门容忍的范围内。选择离开单位后，通过仲裁来解决比较实际。
这个情况是非常普通加班工资计算基数争议，因为国家对加班工资的计算基数有明确规定。
依据是《劳动法》第四十四条的规定：“安排劳动者延长时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬”；
当时的劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》又进一步阐明“工资”的定义：“53条，劳动法中的‘工资’是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬”。
很明显公司的50元标准既没有国家的规定也不是合同约定的劳动报酬，所以劳动者有权要求企业以劳动合同约定的报酬为基数，重新计算，补足差额。
最后一点就是时效了，由于高院规定：在劳动关系存续期间产生的支付工资争议，劳动者主张权利之日为争议发生之日；劳动关系解除或者终止后产生的支付工资争议，解除或者终止劳动关系之日为争议发生之日。所以劳动者完全可以等待最有利的时机。-昼伏夜出－

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不合法。你已经知道加班工资是按不低于工资的150%、200%和300%来付的报酬了。依照法律规定，公司这样的做法后，必须补足不足的部分，还要支付25%的补偿金。你可以先协商，不成再申请仲裁，最后就只能法庭见了。